Este laboratorio realiza estudios taxonómicos y ecológicos de fitoplancton y zooplancton, así como el análisis de contenido estomacal de peces planctófagos, orientados a generar información científica que incremente el conocimiento de las relaciones tróficas y de los procesos oceanográficos y limnológicos a través de especies indicadoras, con la finalidad de contribuir con el manejo sustentable de los recursos pesqueros, acuícolas tradicionales, no tradicionales y sus ecosistemas, teniendo como soporte a un grupo de investigadores capacitados y equipos de vanguardia.